С 1985 до 1990 год работал резидентом КГБ в Восточной Германии.

С 1990 года - помощник ректора ЛГУ по международным вопросам, затем советник председателя Ленсовета.

С июня 1991 года - председатель Комитета по внешним связям мэрии СПБ, одновременно - с 1994 года - первый зампред председателя правительства СПБ.

С августа 1996 года - заместитель управляющего делами президента РФ.

С марта 1997 года – заместитель руководителя АП президента РФ, начальник главного контрольного управления президента РФ.

С мая 1998 года - первый заместитель руководителя АП президента РФ.

В июле 1998-го назначен директором ФСБ, одновременно, с марта 1999 года, секретарь Совбеза.

В августе 1999 года указом президента РФ Путин назначен и. о. премьер-министра РФ (позднее утвержден в этой должности парламентом РФ).

31 декабря 1999 года назначен исполняющим обязанности президента РФ.

В марте 2000 года под флагом преемственности курса реформ Ельцина избран президентом России.

Однако, придя к власти, Путин нарушил практически все предвыборные обещания: свернул демократические реформы, инициированные первым президентом России, начал восстанавливать систему централизованного авторитарного управления страной.

Путин развязал новую войну в Чечне. Поставил под контроль Кремля независимые от государства СМИ и парламент России; перераспределил собственность и основные финансовые потоки в пользу приближенных к нему людей. Установил жесткий контроль над выборами и отменил институт выборов руководителей субъектов РФ. Позже стал подавлять любое инакомыслие. За время его правления десятки журналистов, критикующих его политику, были убиты, многие политические оппоненты оказались в тюрьме или вынуждены были уехать за границу. Таким образом, за время своего правления Путин нарушил основополагающие принципы демократической Конституции РФ.

Александр Литвиненко стал одним из первых оппонентов Путина. Он начал с критики коррупции и бандитизма внутри ФСБ. Затем исследовал причастность сотрудников спецслужб к организации взрывов жилых домов в России осенью 1999 года и таким образом оказался одним из самых профессиональных и яростных критиков путинского режима. Он провел десятки расследований, указывающих на причастность российских спецслужб к убийствам, геноциду в Чечне, преступлениям против человечества.

В июле 2006-го Путин подписал закон, позволяющий российским спецслужбам уничтожать "врагов России" в любой стране мира. Это позволило Путину без суда и следствия расправляться со своими политическими оппонентами, что вызвало естественные опасения за свою жизнь у противников путинского режима, в том числе и у Александра Литвиненко.

Эти опасения усугубились после убийства в октябре 2006 года журналистки Анны Политковской, жестко критиковавшей лично Путина. Она была застрелена в подъезде своего московского дома, и преступление это до сих пор не раскрыто.

На саммите лидеров ЕС в Хельсинки, на котором шла речь об отравлении и о смерти Александра Литвиненко, Путин заявил: "Обвинения в адрес России беспочвенны" и добавил, что нет никаких причин подозревать его режим в отравлении Литвиненко. В завершение своей речи Путин выразил надежду, что Великобритания не воспользуется этой смертью для разжигания "политического скандала".